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Polars groupby 上下文中的数据插值与上采样技术

Polars groupby 上下文中的数据插值与上采样技术

本文详细介绍了如何在 Polars 中高效地对分组数据执行插值操作。针对包含分类列和数值列的数据集,当需要在每个分组内填充缺失的、按固定步长递增的数值时,Polars 提供了强大的解决方案。核心方法是首先为每个分组生成一个包含所有预期数值范围的辅助 DataFrame,然后通过左连接将其与原始数据合并,最后利用 Polars 内置的插值功能填充由此产生的缺失值,实现精确的分组内数据补全。

1. 问题背景与挑战

在数据分析中,我们经常会遇到时间序列或有序数据中存在缺失值的情况,需要通过插值来填充这些空缺。当数据还包含一个或多个分类维度时,插值通常需要在每个分类组内独立进行。例如,一个数据集包含 x(有序数值,可能缺失)、y(待插值数值)和 z(分类标签)三列。我们的目标是针对 z 的每个类别,确保 x 列按照固定的步长(例如5)连续递增,并根据已有的 y 值对缺失的 y 值进行插值。

一个典型的场景是,原始数据可能只记录了特定 x 值的 y 值:

┌─────┬─────┬─────┐
│ x   ┆ y   ┆ z   │
│ --- ┆ --- ┆ --- │
│ i64 ┆ i64 ┆ str │
╞═════╪═════╪═════╡
│ 5   ┆ 1   ┆ A   │
│ 10  ┆ 2   ┆ A   │
│ 20  ┆ 4   ┆ A   │
│ 25  ┆ 5   ┆ A   │
│ 10  ┆ 2   ┆ B   │
│ 20  ┆ 4   ┆ B   │
│ 30  ┆ 6   ┆ B   │
└─────┴─────┴─────┘

我们期望的输出是,在每个 z 分组内,x 值以5为步长填充所有缺失的中间值,并且对应的 y 值也被插值:

┌─────┬─────┬─────┐
│ x   ┆ y   ┆ z   │
│ --- ┆ --- ┆ --- │
│ i64 ┆ i64 ┆ str │
╞═════╪═════╪═════╡
│ 5   ┆ 1   ┆ A   │
│ 10  ┆ 2   ┆ A   │
│ 15  ┆ 3   ┆ A   │
│ 20  ┆ 4   ┆ A   │
│ 25  ┆ 5   ┆ A   │
│ 10  ┆ 2   ┆ B   │
│ 15  ┆ 3   ┆ B   │
│ 20  ┆ 4   ┆ B   │
│ 25  ┆ 5   ┆ B   │
│ 30  ┆ 6   ┆ B   │
└─────┴─────┴─────┘

对于不含分类列 z 的简单情况,可以通过生成完整的 x 值范围,然后与原始数据进行左连接,最后应用 interpolate() 方法来解决。然而,如何在 group_by 上下文中实现这一复杂逻辑,是 Polars 用户常遇到的挑战。

2. 单组数据插值回顾

在深入探讨分组插值之前,我们先回顾一下对单个组(即没有分类列 z)进行插值的方法。这种方法是理解分组插值的基础。

假设我们只有 x 和 y 两列,并且希望 x 值以5为步长进行填充,并插值 y:

import polars as pl
# 原始数据
data = dict(x=[10, 20, 30], y=[2, 4, 6])
df = pl.DataFrame(data)
# 生成所有 x 值的完整范围
step = 5
df_full_x = pl.DataFrame(dict(x=range(df["x"].min(), df["x"].max() + step, step)))
# 合并并插值
result_single_group = (
df_full_x
.join(df, on="x", how="left")
.with_columns(pl.col("y").interpolate())
)
print("单组插值结果:")
print(result_single_group)

输出结果如下:

┌─────┬─────┐
│ x   ┆ y   │
│ --- ┆ --- │
│ i64 ┆ i64 │
╞═════╪═════╡
│ 10  ┆ 2   │
│ 15  ┆ 3   │
│ 20  ┆ 4   │
│ 25  ┆ 5   │
│ 30  ┆ 6   │
└─────┴─────┘

这种方法的核心是创建一个包含所有期望 x 值的“模板”DataFrame,然后通过左连接将原始数据合并到这个模板上。连接后,那些在原始数据中缺失的 x 值对应的 y 列将变为 null,这时就可以使用 pl.col(“y”).interpolate() 来填充这些 null 值。

3. Polars 中分组内数据插值的实现

要将上述单组插值逻辑扩展到 group_by 上下文,关键在于如何为每个分组独立地生成其完整的 x 值范围。Polars 的 group_by 和 agg 操作提供了实现这一目标的高效途径。

3.1 准备示例数据

首先,我们定义原始的 Polars DataFrame:

import polars as pl
# 示例数据
data = {
"x": [5, 10, 20, 25, 10, 20, 30],
"y": [1, 2, 4, 5, 2, 4, 6],
"z": ["A", "A", "A", "A", "B", "B", "B"]
}
df = pl.DataFrame(data)
print("原始 DataFrame:")
print(df)

3.2 步骤一:为每个分组生成完整的 x 值范围

我们需要为每个 z 分组,根据其 x 列的最小值和最大值,生成一个以指定步长(例如5)递增的完整 x 值序列。

# 步骤一:为每个分组生成完整的 x 值范围
upsampled_template = (
df
.group_by("z")
.agg(
# 为每个组生成从 min(x) 到 max(x)+step 的整数范围
# 并将其命名为 "x"
pl.int_range(pl.col("x").min(), pl.col("x").max() + 5, step=5).alias("x")
)
.explode("x") # 将列表形式的 x 展开为多行
)
print("\n生成的上采样模板 DataFrame:")
print(upsampled_template)

解释:

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  1. df.group_by(“z”): 按照分类列 z 进行分组。
  2. agg(…): 对每个分组执行聚合操作。
  3. pl.int_range(pl.col(“x”).min(), pl.col(“x”).max() + 5, step=5).alias(“x”): 这是核心。对于每个分组,它计算 x 列的最小值和最大值,然后生成一个从最小值到最大值(包含最大值,因此 max() + 5)的整数序列,步长为5。alias(“x”) 确保新列名为 x。
  4. .explode(“x”): agg 操作的结果会是每个 z 组对应一个包含 x 值列表的行。explode(“x”) 将这些列表展开,使得每个 x 值都成为独立的一行,同时保留其所属的 z 分组信息。

经过此步骤,我们得到了一个包含所有 z 分组和其各自完整 x 值序列的 DataFrame,这将作为我们后续连接的左侧 DataFrame。

3.3 步骤二:执行左连接并插值

现在,我们将这个 upsampled_template DataFrame 与原始 DataFrame df 进行左连接。连接键是 x 和 z。连接后,那些在 upsampled_template 中存在但在原始 df 中不存在的 (x, z) 组合,其 y 列将变为 null。最后,我们对 y 列应用 interpolate() 方法来填充这些 null 值。

# 步骤二:执行左连接并插值
final_result = (
upsampled_template
.join(
df,
on=["x", "z"], # 基于 x 和 z 两列进行连接
how="left"     # 左连接,保留 upsampled_template 中的所有行
)
.with_columns(
pl.col("y").interpolate() # 对 y 列进行插值
)
# 可选:如果需要特定排序,例如按 z, x 排序
.sort(["z", "x"])
)
print("\n最终分组内插值结果:")
print(final_result)

输出:

最终分组内插值结果:
shape: (10, 3)
┌─────┬─────┬─────┐
│ z   ┆ x   ┆ y   │
│ --- ┆ --- ┆ --- │
│ str ┆ i64 ┆ f64 │
╞═════╪═════╪═════╡
│ A   ┆ 5   ┆ 1.0 │
│ A   ┆ 10  ┆ 2.0 │
│ A   ┆ 15  ┆ 3.0 │
│ A   ┆ 20  ┆ 4.0 │
│ A   ┆ 25  ┆ 5.0 │
│ B   ┆ 10  ┆ 2.0 │
│ B   ┆ 15  ┆ 3.0 │
│ B   ┆ 20  ┆ 4.0 │
│ B   ┆ 25  ┆ 5.0 │
│ B   ┆ 30  ┆ 6.0 │
└─────┴─────┴─────┘

可以看到,最终结果完美地实现了在每个 z 分组内对 x 值进行上采样,并对 y 值进行插值。

4. 注意事项与最佳实践

  • LazyFrame 的使用: 原始问题中提到数据集可能非常大,希望使用 pl.LazyFrame。上述解决方案完全兼容 LazyFrame。只需在开始时将 pl.DataFrame 替换为 pl.LazyFrame,并在最后调用 .collect() 即可。例如:

    # 使用 LazyFrame
    df_lazy = pl.LazyFrame(data)
    upsampled_template_lazy = (
    df_lazy
    .group_by("z")
    .agg(
    pl.int_range(pl.col("x").min(), pl.col("x").max() + 5, step=5).alias("x")
    )
    .explode("x")
    )
    final_result_lazy = (
    upsampled_template_lazy
    .join(
    df_lazy,
    on=["x", "z"],
    how="left"
    )
    .with_columns(
    pl.col("y").interpolate()
    )
    .sort(["z", "x"])
    .collect() # 在 LazyFrame 链的末尾调用 collect() 获取结果
    )
    print("\nLazyFrame 分组内插值结果:")
    print(final_result_lazy)

    使用 LazyFrame 可以在处理大规模数据时获得更好的性能,因为它允许 Polars 优化查询计划并延迟计算。

  • 排序的重要性: 在执行插值之前,确保数据在每个分组内是按照 x 列排序的至关重要。join 操作通常不会改变数据的内部顺序,但为了确保 interpolate() 方法的正确性,以及最终输出的可读性,建议在最终结果上使用 .sort([“z”, “x”]) 来明确排序。Polars 的 interpolate 方法默认假定数据是排序的。

  • 插值方法: pl.col(“y”).interpolate() 默认执行线性插值。如果需要更复杂的插值方法(例如,前后填充 fill_null(strategy=”forward”) 或 fill_null(strategy=”backward”)),可以根据具体需求调整。但对于这种数值序列的填充,线性插值通常是合适的。

  • 性能考量: Polars 的 group_by 和 join 操作都是高度优化的。通过 explode 生成完整的 x 范围,然后进行连接,这种模式在 Polars 中是处理此类问题的惯用且高效的方式。

5. 总结

本文提供了一种在 Polars 中对分组数据进行插值和上采样的通用且高效的方法。通过结合 group_by、agg、explode 和 join 操作,我们能够为每个分组独立地生成完整的数值序列,并通过左连接引入缺失值,最终利用 interpolate() 方法精确填充这些缺失值。这种方法不仅适用于小规模数据集,通过结合 LazyFrame 也能轻松扩展到大规模数据场景,充分体现了 Polars 在数据处理方面的灵活性和高性能。

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NULL sort 数据分析
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